Свети Никифор бил син на знатен и благочестив гражданин на Цариград на име Теодор, който претърпял изтезание и изгнание, задето почитал светите икони. Той получил от родителите си християнско възпитание, подкрепено от примера на техния собствен живот. Майка му била участница във всички изпитания на своя мъж, като го последвала и в изгнанието. А след неговата смърт тя се преселила в Цариград, гдето младият Никифор получил бляскаво образование. В званието секретар на двора на императрица Ирина и като императорски пълномощник, Никифор присъствал на VІІ Вселенски събор (787 г.). Отегчавайки се от придворния живот, той оставил двореца и се усамотил при Босфора, като прекарвал живота си в научни трудове, пост и молитва. В туй време той построил църква и основал манастир. В 806 г. Никифор, след смъртта на патриарх Танасий, бил избран за цариградски патриарх: приел отначало монашество, после свещенически сан и бил възведен на патриаршески престол в самия ден Пасха. Във време на посвещението той държал в ръка своето обещание да пази истините на православната вяра. Като приел управлението на Църквата, той преди всички обърнал внимание на поведението на духовенството и взел мерки против разпуснатия живот в столицата. С еретиците встъпил в последователна и постоянна борба. Скоро той се проявил като изповедник, указвайки твърда съпротива на иконобореца император Лъв Арменец. На всички старания на императора, чрез ласки и закани да го склони на своя страна, Никифор отговарял:"Напразни са твоите трудове господарю! Ние не можем да изменим древното предание, ние почитаме изображенията на светците както Кръста и Евангелието". И след това, търсейки подкрепление в молитвата, той убеждавал православните да се пазят от еретиците и да се не боят от преследванията за правото изповедание.

В църквата "Св. София" той съборно извършил всенощно бдение, молейки Бога за мир в Църквата и за избавяне от ереста. Като узнал за това и като се опасявал от народен метеж, императорът пратил царедворци в църквата да кажат на патриарха: "Защо смущаваш народа и го възбуждаш против царската власт?" Патриархът казал да съобщят на императора: "Ние сме се събрали в Божия дом не на съвет против царя, а на славословие Божие и за да се молим, Господ да унищожи ереста и да утвърди всички в единомислено православие!" След беседата с народа патриархът се отправил в двореца, за да успокои и убеди царя. “Не въвеждай в светата Църква нечестиво мъдруване! - казал му той. - Не трябва да се спори за онова, което вече отдавна е отхвърлено от светите отци и е предадено на анатема". Императорът с гняв изгонил от двореца патриарха и всички, които били с него. Епископите били пратени в разни места на заточение, а свещениците и монасите били предавани на различни мъчения и затвор, за да ги склонят към ереста. Патриархът временно бил оставен на длъжността си, понеже имало опасност от бунт сред народа.

В 814 г. императорът свикал събор от свои съмишленици епископи, които повикали на събора патриарха, но Никифор наредил да им кажат, че те нямат право да бъдат съдии в неговата област. Тогава епископите го обявили за лишен от сан, а императорът го пратил на заточение отначало в един манастир, основан от самия патриарх, а после в друг, близо до Цариград. Там св. Никифор Изповедник починал през 818 година.

Мощите на св. Никифор били пренесени в Цариград в 846 година.